Consultant en Bioinformatique - Immunologie H/F chez Marcy-l'Étoile, Rhône

Gi Group Consulting, filiale de GiGroup Holding, est une société de prestation de services intellectuels dans les Life Sciences. Nous dédions notre savoir-faire auprès nos clients : Groupes Pharmaceutiques, CROs et Biotechnologies.

Nous recrutons à Marcy l’Etoile, un Consultant en Bioinformatique – Immunologie H/F pour une mission au sein d’un prestigieux groupe pharmaceutique à partir de juillet 2026. Notre client est un laboratoire pharmaceutique international qui s’engage pour le progrès thérapeutique au bénéfice des patients, en collaboration avec les professionnels de santé. Sa croissance repose sur une recherche constante d’innovation dans de multiples aires thérapeutiques.

Principales responsabilités

Immunopeptidomique

• Développement de pipelines computationnels pour une identification et une quantification précises des peptides.
• Extension de modèles de deep learning afin d’intégrer les voies de présentation par le CMH-I et le CMH-II.
• Création de modèles prédictifs pour identifier de nouveaux épitopes de pathogènes.
• Mise en œuvre d’infrastructures de calcul pour la prédiction d’épitopes à haut débit.
• Entraîner des réseaux de neurones profonds sur des jeux de données d’immunopeptidomique élargis intégrant des épitopes CMH-I et CMH-II.

Analytique des cellules B (B cell analytics)

• Analyse du répertoire des BCR : analyser les répertoires de récepteurs des cellules B à partir de données de séquençage haut débit afin d’extraire des informations biologiques sur les réponses immunitaires.
• Identifier et annoter les gènes germinaux dans les segments V-(D)-J, y compris de nouveaux allèles et polymorphismes.
• Alignement de séquences : cartographier les régions V(D)J et annoter les sous-régions fonctionnelles des immunoglobulines (frameworks, CDR) à l’aide d’outils tels qu’IgBLAST.
• Analyse des lignées clonales & SHM : reconstruire les lignées d’anticorps, analyser les profils d’hypermutation somatique, l’expansion clonale et la maturation d’affinité.
• Caractérisation de la CDR3 : analyser la longueur, la composition et les propriétés physico-chimiques de la CDR3, essentielles pour la liaison à l’antigène.
• Utilisation des gènes V(D)J : étudier les profils d’utilisation des segments géniques.
• Développer et maintenir des pipelines bioinformatiques évolutifs et reproductibles pour l’analyse des BCR.
• Travailler avec les chercheurs sur le design expérimental, l’analyse des données et l’interprétation des résultats.
• Analyse de données NGS d’anticorps (traitement des données depuis des fichiers FASTQ jusqu’aux séquences d’anticorps) et analyses multimodales telles que le cell hashing ou le CITE-seq.
• Protection des données numériques, gestion du stockage des données et visualisation des données.
• Construire des pipelines pour des analyses supervisées/non supervisées et l’analyse de trajectoires de sous-populations de cellules immunitaires.
• Mettre en œuvre des modèles prédictifs et des outils IA/ML pour améliorer l’interprétation des données sur l’ensemble des programmes.
• Rédaction d’une documentation adéquate pour la conformité et la traçabilité des travaux de recherche dans les études scientifiques.

Profil

• Profil bioinformatique/immunoinformatique avec expérience en immunopeptidomique.
• Compétences solides en IA/ML et deep learning appliqués aux données immunologiques ainsi qu’une expertise en analyse de répertoires BCR.
• Capacité à gérer des analyses NGS de bout en bout et des données multimodales.
• Fortes compétences d’industrialisation et de collaboration : pipelines reproductibles et scalables (HPC/cloud), gestion du stockage et de la confidentialité des données, visualisation, documentation conforme (traçabilité/compliance) et travail étroit avec les équipes de recherche sur design expérimental, analyses et interprétation.
• Anglais avancé.
• Vaccination Hépatite B obligatoire.

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